Справившись с Боузером и вернув покой в Бруклин, Марио ждала новая угроза. Коварный союз между бандой Варио и Боузером-младшим поставил под удар всё, что удалось отстоять. Теперь Марио, объединившись с верными союзниками и неутомимым Йоши, должен бросить вызов их амбициям. Остановить захватчиков, мечтающих подчинить себе весь мир, — вот задача, которая стоит перед героем.